Hauptabteilung I: militärischer Abschirmdienst; zuständig für die Zuverlässigkeit des Militärs, Spionageabwehr sowie politische Überwachung von Militärpersonen
Hauptabteilung II: militärischer Auslandsnachrichtendienst; unterteilt in fünf Abteilungen:
- Strategie: analysiert Informationen, wertet sie aus, bedient Anfragen aller berechtigten Stellen; v. a. Kontakt mit Außenministerium;
- Nachrichtenbeschaffung: setzt v. a. menschliche Quellen ein; zunehmend erhält neben dem militärischen und politischen auch der zivile Sektor Bedeutung, v. a. im Bereich der Wirtschafts- und Industriespionage;
- (Spezial-)Operationen: plant geheime Aktionen und führt diese mit eigenen militärischen Spezialkräften durch; „Aktionsdivision“;
- Verwaltung: verantwortlich für die Infrastruktur: u. a. Personalpolitik, Buchhaltung;
- Technischer Dienst: zuständig für elektronische Aufklärung; Abhörstationen
Hauptabteilung III: militärischer Aufklärungsdienst; verantwortlich für elektronische Kriegführung (u. a. Radar, Satellitenaufklärung, Bildauswertung, nationaler und internationaler Telefonverkehr, Störsender, Fernmeldeaufklärung, Sicherheit der militärischen Kommunikation und der -systeme)
Hauptabteilung IV: militärischer (strategisch-operativer) Nachrichtendienst; Hauptaufgaben: Fernmeldeaufklärung, Kryptographie, Satellitenaufklärung
Hauptabteilung V: Historischer Dienst des bergischen Generalstabes
Derzeitiger Direktor des Militärischen Sicherheitsdienstes (MSD) ist Generalmajor Reto Vogler.